In de tiende eeuw breken betere tijden aan in heel West-Europa. Aan de voortdurende aanvallen van de Vikingen komt een eind en het klimaat wordt enigszins droger en warmer. De rust keert weer, de bevolking groeit snel en daarmee de behoefte aan broodgraan en dus aan akkerland. Tussen 1000 en 1300 begint de groeiende bevolking in West-Nederland met het ontginnen van de Hollands-Utrechtse laagvlakte. Dit is een initiatief van de graven van Holland en de bisschoppen van Utrecht. Het gaat om een gebied dat wordt begrensd door het IJ in het noorden, de duinen in het westen, de Lek en de Waal in het zuiden en de Oude Rijn in het oosten. Gouda ligt daar middenin.
Noordelijk van de IJssel
Tussen 1000 en 1050 wordt als eerste een lange strook grond ten noorden van de Hollandsche IJssel in fasen ontgonnen en verkaveld voor de akkerbouw. Het gebied strekt zich uit vanaf Haastrecht tot aan de Gouwe. Wij kennen deze ontginning nu als het Land van Stein en Willens. In het Land van Stein zijn de ontginningssloten nog goed herkenbaar, maar ook in Goverwelle, Oosterwei, Kort Haarlem en de binnenstad verraden waterlopen en straten het oude ontginningspatroon. Voorbeelden zijn de Joubertstraat, Krugerlaan, Fluwelensingel, Groeneweg en Spieringstraat. Waar de Gouwe op dat moment precies stroomt, is niet helemaal duidelijk. Bij de Spieringstraat lijkt deze eerste ontginning in elk geval op te houden. Ook lijkt het erop dat deze ontginning al vrij snel dieper landinwaarts wordt voortgezet, waardoor ook de blokken Ouwe Gouwe en Achter Willens ontstaan.
Ten oosten van de Gouwe
Tegelijkertijd of iets later wordt er ontgonnen vanaf de Gouwe oostwaarts, dus in de huidige binnenstad. We kennen de namen Tevecoop (ten zuiden van de Turfmarkt) en Honscoop (ten noorden van de Turfmarkt). Een oorkonde uit 1139 vermeldt een pas ontgonnen cope (rechthoekige kavel) langs de Gouwe. Vrijwel zeker betreft het een gebied ten noorden van de binnenstad. Het is duidelijk dat de aangrenzende gebieden dan al ontgonnen zijn. Nagenoeg alle sporen hiervan zijn nu door nieuwbouw uitgewist, op enkele slootjes in de buurt van de Winterdijk en in de wijk Bloemendaal-West na. Het heeft er alle schijn van dat de bewoners van deze twaalfde-eeuwse ontginningsblokken al een parochiekerk hadden in de nederzetting Bloemendaal voordat Gouda tot ontwikkeling kwam. Pas in 1278 neemt de Sint-Janskerk die functie van het kerkje in Bloemendaal over.
Korte Akkeren
Nog onopgelost is de ontginning van Korte Akkeren. Het patroon van de ontginningssloten is nog goed zichtbaar aan de Westerkade, de Herenstraat, de Vorstmanstraat en andere wegen. Deze loopt niet naar de Hollandsche IJssel, wat voor de hand zou liggen, maar in de richting van de binnenstad. Waarschijnlijk is het veen ooit wel ontgonnen vanaf de Hollandsche IJssel, maar is het na een overstroming weer verlaten. Pas veel later, als er een dijk langs de IJssel ligt, wordt het opnieuw ontgonnen. Afwateren op de IJssel is nu onmogelijk en dus ontgint men oostwaarts in de richting van de Gouwe. Het is in elk geval een misvatting dat in Korte Akkeren het laatste stukje onontgonnen bos van Midden-Holland, het zogenaamde Goudse Bos, moet worden gezocht. Het staat vast dat dit veel westelijker heeft gelegen, ten zuiden van ’t Weegje. Het wordt in 1377 gekapt.
Omkering van het landschap
Om het natte veenlandschap voor landbouw geschikt te maken, is goede afwatering noodzakelijk. Als gevolg daarvan klinkt veen echter in, plaatselijk met enkele centimeters per jaar. Het dikke veenkussen zakt daardoor na verloop van tijd aanzienlijk, het resultaat is bizar: het landschap keert zich om. Omdat de kleiige oevers van de rivieren niet verzakken, maar het landschap erachter wel, komen de rivieren hoger te liggen dan het omringende land. De rivieren voeren nu geen water meer af, maar aan. Een rivier als de Gouwe stroomt op een zeker moment zelfs landinwaarts. Vanaf de tweede helft van de twaalfde eeuw getroosten de bestuurders en bewoners zich dan ook grote moeite om door middel van dijken en sluizen het water uit het steeds lager gelegen land te houden. Als gevolg van de inklinking is de waterhuishouding van Gouda en haar omgeving tot op de dag van vandaag een van de grootste problemen voor de waterschappen.