Op nadrukkelijk verzoek van het stadsbestuur vestigt Dirck Volckertszoon Coornhert zich in Gouda. Hij is vanwege zijn ideeën uit Delft verjaagd. Coornhert is een man naar het hart van de Goudse regenten. Als geen ander verdedigt hij het vrije denken in beeld, woord en geschrift. Hij woont nog maar twee jaar in Gouda, als hij op 29 oktober 1590 overlijdt in het pand aan de Oosthaven 17. Als de gereformeerden het voor het zeggen krijgen in de stad is het even gedaan met de belangstelling voor de overleden vrijdenker. Na verloop van tijd sluit Gouda Coornhert echter voorgoed in haar hart.
Vrijheid van consciëntie
Gewetensdwang is voor Coornhert uit den boze. Zijn ideeën passen daarmee uitstekend bij de politieke koers van de stad sinds Erasmus. Gouda wil niets weten van scherpslijperij. De stad gruwt van het ter dood brengen van mensen louter omwille van hun geloof. Ook weigert het stadsbestuur de nieuwe (gereformeerde) kerk alleenheerschappij te geven. Coornhert en Gouda vinden elkaar. En de geleerde vindt niet alleen een veilig onderdak in Gouda. Hij kan hier voortaan ook schrijven en laten drukken wat hij wil. Gouda op haar beurt vestigt met de komst van deze omstreden schrijver definitief de reputatie van stad voor vrijdenkers. Coornhert reikt Gouda ook een motto aan dat de politieke beginselverklaring van de stad wordt: ‘vrijheid van consciëntie’ (vrijheid van geweten). Dit motto ontleent de stad aan een boek dat Coornhert in 1582 schrijft. De geleerde kan na zijn komst naar de Oosthaven nog twee jaar van deze vrijheid genieten. Hij gaat onvermoeibaar door met het schrijven van zijn pleidooien voor tolerantie. In deze jaren bestrijdt hij vooral de opvattingen van Justus Lipsius. Deze jurist vindt dat elke overheid het recht heeft ketters te doden. De rust in het land zou ermee gediend zijn. In het laatste van de vele boeken die Coornhert in zijn leven schrijft, keert hij zich fel tegen die gedachte. Dit boek, getiteld ’t Proces van het ketterdooden, is nog maar net af als Coornhert ernstig ziek wordt en overlijdt. Hij wordt begraven in de Sint-Janskerk.
Erfenis
Nog geen week na Coornherts dood stuurt het stadsbestuur tien exemplaren van zijn boek naar prins Maurits. De gereformeerde stadhouder van Holland wil ook Gouda dwingen tot volgzaamheid. Maar de stad hecht zeer aan haar zelfstandigheid. Zij wil zich geen andere koers laten opleggen, zeker niet in kerkelijke zaken. Met de zending boeken van de hand van Coornhert maakt de stad dit nog eens demonstratief duidelijk aan de prins. Hetzelfde doet het stadsbestuur in de richting van de Staten van Holland, het gewestelijke bestuur. Als de Staten een gebrandschilderd glas schenken voor de Sint-Janskerk, staat het thema bij voorbaat vast. Gouda vraagt en krijgt een kunstige uitbeelding van de ‘Vrijheid van Consciëntie’. Dankzij deze houding van het stadsbestuur vinden vele vrijdenkers hun toevlucht in Gouda. Verschillende Goudse boekdrukkers verdienen een goede boterham aan de uitgave van elders verboden werken. In 1618 krijgen de gereformeerden met hulp van prins Maurits het voor het zeggen in de stad. Dan is het gedaan met de Goudse vrijheid en met de belangstelling voor Coornhert.
Eerherstel
Gouda sluit Coornhert na verloop van tijd weer in haar hart. De grafsteen krijgt een plek in de kerk, hoewel het een kopie is met foute overlijdensdatum. Ook bij de plaatsing van een herdenkingssteen aan de Oosthaven maakt men een pijnlijke fout. De steen wordt in het verkeerde pand aangebracht (Oosthaven 51). Het blijkt dat Coornherts sterfhuis op een andere plek staat. In 1987 verhuist de steen daarom naar het pand op nummer 17, in de muur van sociëteit De Reünie. Verder noemt de stad een gymnasium, een straat en een jaarlijkse lezing naar de vrijdenkende geleerde.