De Sint-Janskerk is vanaf haar ontstaan tot de reformatie de enige parochiekerk van de stad. Zij vormt daarmee voor het stadsbestuur een prachtig object om het stedelijke ambitieniveau te tonen. Na ruim twee eeuwen uitbreiden en verbouwen brandt de kerk in 1552 grotendeels uit. Het stadsbestuur geeft opdracht de kerk te herstellen. Ondanks opstand en reformatie herrijst in een halve eeuw tijd een even bijzonder als uniek kerkgebouw in Holland. In de twintigste eeuw ondergaat de kerk, die wereldwijd bekendheid geniet vanwege haar gebrandschilderde ramen, grootscheepse restauraties.
Middeleeuwse bouwfasen
De Heren van der Goude bouwen vóór of in de twaalfde eeuw ter plaatse van de Sint-Janskerk hun hofkapel. Als de familie uitsterft, krijgt de hofkapel in 1278 de functie van parochiekerk van de stad. Het gebouw wordt vóór 1350 uitgebreid en rond 1350 van een toren voorzien. De groeiende bevolking maakt al snel een nieuwe uitbreiding noodzakelijk. Rond 1390 verrijst een driebeukig koor tegen de oostzijde van de kapel. Daarna wordt de oude kapel vervangen door een bijpassend schip. Deze hallenkerk met drie even hoge beuken wordt in 1413 gewijd. In 1475 vindt verdere uitbreiding van de kerk plaats met extra zijbeuken, waardoor een vijfbeukig hallenschip ontstaat. Vanaf 1485 verrijst het koor tegen de oostzijde in de huidige basilicale vorm. Bij de bouw van de kooromgang laat het stadsbestuur zich inspireren door die van de Oude Kerk en de voorganger van de huidige Nieuwezijdskapel in Amsterdam. Na afronding van de bouwcampagne rond 1510 is de plattegrond gelijk aan die van de huidige kerk. Het schip telt echter het dubbele aantal zuilen ten opzichte van nu en heeft vijf even hoge beuken.
Nieuwe ruimtelijke opzet
Het lage schip met zijn vele zuilen verschilt van het koor met brede bogen en vensters bovenin. Dat is aanleiding het schip aan te passen. Vanaf 1515 worden de buitenste zijbeuken van het schip verbouwd tot dwarskapellen met brede topgevels en dwarskappen. Elke tweede zuil komt daarbij te vervallen, waardoor een brede traveemaat ontstaat. Ook hier laat het bestuur zich inspireren door de Oude Kerk in Amsterdam, waartegen intussen dwarskapellen met een dubbele traveemaat zijn gebouwd. De brede en hoge topgevels bieden de mogelijkheid grote vensters met gebrandschilderd glas te plaatsen. Deze geven de kerk enorme allure. In de kerkrekeningen, die vanaf 1543 vrijwel volledig bewaard zijn gebleven, zien we dat de werkzaamheden in de jaren veertig worden afgerond. Op 12 januari 1552 slaat de bliksem in de toren en brandt de net verbouwde kerk grotendeels uit. De schade is enorm, maar de brand biedt ook kansen. Het stadsbestuur benoemt Cornelis Frederickszn van der Goude om de herstelwerkzaamheden te leiden. Hij is een bekende bouwmeester en krijgt de supervisie over het werk. Hij laat, net als in de dwarskapellen, in het middenschip elke tweede zuil weg. De kerk krijgt daarmee naast de oost-west as ook een aantal dwars-assen met brede scheibogen. Door deze ingreep verandert de ruimtelijke werking in de kerk compleet en ontstaat een uniek kerkgebouw in Holland.
Na de reformatie
De beeldenstorm van 1566 laat de Sint-Janskerk ongemoeid, ook omdat de kerk deels nog in de steigers staat. Pas rond 1570 worden de bouwwerkzaamheden, met uitzondering van de lichtbeuk van het schip, afgerond. Tussen 1572 en 1590 ligt de bouw stil ten gevolge van de opstand en de reformatie. De bouw van een lichtbeuk op het schip staat, ondanks de overgang in protestantse handen, nog steeds gepland. Vanaf 1590 kan men die wens verwezenlijken met behulp van sloopmateriaal van het Maria-Magdalenaklooster. Daarna is nog een laatste ingreep noodzakelijk: het bovenste deel van de toren is door de bouw van de nieuwe lichtbeuk in de kerk terecht gekomen en wordt dan ook kort na 1600 verhoogd. In de zeventiende en achttiende eeuw onderhoudt men de kerk in bouwkundig opzicht goed. Na de scheiding van kerk en staat in 1795 en het verbod op begraven in de kerk in 1829 vallen de belangrijkste inkomsten weg. De bouwkundige toestand van de kerk gaat daarna snel achteruit. Vandaar dat tussen 1898 en 1943 en tussen 1965 en 1980 een grootscheepse restauratie noodzakelijk is.
