Oorspronkelijk is de Donkere Sluis een keersluis. Hierdoor varen sinds de dertiende eeuw schepen vanuit de IJssel naar de Gouwe en omgekeerd. De naam Donkere Sluis wordt in de zeventiende eeuw voor het eerst gebruikt, waarschijnlijk vanwege de overkluizing die dan naast de sluisdeur over de Haven ligt. Vóór die tijd spreekt men van de Grote- of Binnensluis. Sinds 1615 ligt de sluisdeur middenin een bijna achthonderd meter lang schutsluizencomplex en speelt een belangrijke rol in de doorvaart door Holland. De Donkere Sluis is beroemd vanwege het kruisdeurmechanisme, waardoor het water uit de grachten met kracht gespoeld kan worden: het zogenaamde ‘schuren der grachten’.
Goudse keersluis
In de middeleeuwen, als het veen rondom Gouda wordt ontgonnen, klinkt de grond door het ontwateren meerdere meters in. De rivier de Gouwe, waarop het gebied ten noorden van Gouda afwatert, komt daardoor steeds lager te liggen ten opzichte van de IJssel. Er wordt een keersluis in de monding van de Gouwe gebouwd om bij laagwater op de IJssel te lozen en bij vloed het instromen van IJsselwater te verhinderen. Met het doortrekken van de Gouwe naar de Oude Rijn ontstaat een waterweg vanaf deze Goudse keersluis via Oude Rijn, Haarlemmermeer en Spaarne tot aan de Spaarndammer keersluis aan het IJ. Deze laatste wordt op last van de Hollandse graven in 1253 doorvaarbaar gemaakt. Vervolgens wordt ook de Goudse sluisdeur in de kunstmatige Haven bij het hof van der Goude doorvaarbaar gemaakt. Op deze plaats ontwikkelt zich Gouda, dat in 1272 van graaf Floris V stadsrechten krijgt.
Nieuwe sluis
Omstreeks 1308 wordt achter de Dubbele Buurt een nieuwe sluis gebouwd. De sluis vormt de scheidslijn tussen de Gouwe en de Haven, middenin de stad. Volgens vroege beschrijvingen betreft het één schotdeur, die tot ongeveer drie meter doorvaarthoogte opgetrokken kan worden. De deuropening (4,75 meter breed) en de sluisdrempeldiepte (ongeveer 1,50 meter) zijn sinds de vijftiende eeuw gelijk en beperken de grootte van de passerende schepen. De overige sluizen in de vaarroute door Holland - de Gouwesluis (bij de Oude Rijn) en de Spaarndammersluis - hebben dezelfde maat. Schepen dienen hun mast te strijken, waartoe de stadskraan voor het Catharina Gasthuis dienst doet. Het windwerk van de zware houten sluisdeur heeft twee grote looptrommels, waarvoor volgens het reglement voor het schutten ieder schip één man levert tot een totaal van tien à twaalf man.
Amsterdams Verlaat
In 1412 besluit men tot de aanleg van een tweede sluisdeur, op kosten van de grote Hollandse steden. Pas in 1436 wordt dit werk uitgevoerd. Er ontstaat een grote schutsluis dankzij een soortgelijke 380 meter verderop gelegen schotdeur, het Amsterdams Verlaat. Vroeg in de zeventiende eeuw worden de schotdeuren vervangen door stenen sluishoofden met puntdeuren, maar de doorgang blijft even smal en de binnenstadsbruggen blijven vast tot ver in de negentiende eeuw. Om verzanding van de Haven tegen te gaan bouwt men in 1615 een stel sluisdeuren naast het Tolhuis. Dan ligt de Donkere Sluis middenin een bijna achthonderd meter lang schutsluizencomplex, dat eeuwen lang de langste sluis ter wereld is. De sluizen blijven in functie tot de afsluiting van de Haven na de Watersnoodramp van 1953.
Belang van de scheepvaart
De scheepvaart levert een belangrijke bijdrage aan de welvaart van Gouda. Lading uit grote schepen wordt er overgeslagen. Doorvarende schippers moeten langdurig op hun beurt wachten en provianderen. Zij maken gebruik van de plaatselijke werven en zeilmakerijen. Dordrecht, Gouda en Haarlem hebben gezamenlijke belangen en zijn met grafelijke steun eeuwenlang partners in het handhaven en concurrentievrij houden van de doorvaart door Holland. Sluizenbouw elders wordt zonodig met geweld verhinderd. Rond 1540 passeren circa zevenduizend schepen per jaar de Donkere Sluis. Gouwenaren zelf varen al in de veertiende en vijftiende eeuw naar Vlaanderen, Frankrijk, Engeland en de Oostzee, met kleine op de maat van de Donkere Sluis gebouwde, koggeschepen. Deze schepen zijn maximaal vijftien voet breed. Na 1577 onderscheidt men deze ‘smalschepen’, die door de Donkere Sluis kunnen varen, van ‘wijdschepen’, die door de Mallegatsluis geschut moeten worden. Rond 1680 passeren jaarlijks veertienduizend schepen Gouda’s sluizen en rond 1900 zijn dat er veertig- à vijftigduizend, goed voor rond de drie miljoen ton lading per jaar. Men schat dat tot de opening van de Julianasluis in 1936 ruim twintig procent van de bevolking in zijn bestaan direct of indirect van de scheepvaart afhankelijk is.
